Biologie des sytèmes et bioinformatique

Patrick Meyer

Description des activités

BioSys s'intéresse aux outils de reconstruction (grande échelle) des circuits encodés au sein d'une cellule et de son génome. L'objectif de ces outils étant de pouvoir prédire le comportement d'un organisme dans un large spectre de conditions environnementales et d'analyser l'ensemble des conséquences liées à une modification génétique.

L'un des outils majeurs pour représenter un large ensemble de circuits d'une cellule est un graphe d'interactions. Le défi réside dans la conception d'algorithmes robustes capables d'intégrer des données hétérogènes pour inférer ce graphe.

Notre expertise se situe, en particulier, dans le développement de méthodes statistiques, computationnelles, d'inférence de réseaux transcriptionnels, à partir de données issues de nouvelles générations de méthodes de séquençage (NGS). 

En effet, nous avons construit des réseaux de régulations (et des méthodes de validation de ceux-ci) à partir de données d'expressions, ChIP, motifs de transcription, modification d'histones et interactions de protéines. Avec ces modèles, nous avons réalisé de nouvelles prédictions sur les expressions et les appartenances fonctionnelles d'un grand nombre de gènes pour différents organismes.

Finalement, nous produisons aussi des logiciels open-source (paquetages R et Bioconductor), des plateformes web, pour que d'autres unités de recherche puissent inférer, valider et analyser de nouveaux circuits cellulaires.

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