Phylogénomique des Eucaryotes
Denis Baurain
Professeur de Bioinformatique
Université de Liège
InBioS - PhytoSYSTEMS, Phylogénomique des Eucaryotes
Sart Tilman, Quartier Vallée 1
Chemin de la Vallée 4, Bât. B22
4000 Liège
Belgium
+32 4 3663864
En bref...
L'UEP fait partie de PhytoSYSTEMS, la branche de l'Unité de Recherche InBioS de l'ULiège (Université de Liège, Belgique) qui regroupe tous les biologistes végétaux et autres chercheurs travaillant sur les associations symbiotiques impliquant des microalgues. Comme son nom l'indique, notre laboratoire s'intéresse à l'inférence des relations évolutives entre Eucaryotes à partir de données génomiques complètes. Plus généralement, l'objectif de la phylogénomique est de reconstruire "l'arbre du Vivant" en se basant sur les similarités génétiques observées entre organismes existants. Il s'agit également d'élucider l'émergence des trois domaines, à savoir les bactéries, les archées et les eucaryotes. En raison de la complexité des processus évolutifs qui ont conduit à la biodiversité actuelle et de la quantité importante de séquences prises en compte lors de l'inférence de l'arbre, la phylogénomique nécessite des méthodes et des modèles statistiques sophistiqués, et donc d'importantes ressources informatiques.
Recherche
Notre laboratoire est spécialisé dans la génomique comparative, la phylogénomique et la métagénomique des organismes microbiens (procaryotes et eucaryotes, y compris les cyanobactéries et les algues) et des plantes et animaux multicellulaires. Il est également actif dans le développement et l'évaluation de logiciels pour la bioinformatique. Nos lignes de recherche actuelles s'organisent comme suit :
- Origine et évolution des algues
- Diversité et évolution des cyanobactéries
- Évolution des animaux
- Évolution de familles de protéines complexes
- Développement de logiciels et de bases de données
POUR EN SAVOIR PLUS (EN ANGLAIS)
Enseignement
Le Prof. Denis Baurain a une double formation d'informaticien et de biologiste moléculaire végétal. Il donne des cours à différents groupes d'étudiants en biologie, biochimie, bioinformatique et médecine vétérinaire. Ses enseignements vont de la biologie de base à la programmation informatique, en passant par des cours plus spécialisés comme la protistologie (par exemple, les algues, les champignons) et les méthodes phylogénétiques. Entre 2016 et 2022, il a été le Président du Département des Sciences de la Vie, qui organise le Master en Biochimie et Biologie Moléculaire et Cellulaire (Master BBMC) et le Master en Bioinformatique et Modélisation (Master BIM).
Équipe
Postdocs
- Dr. Luc Cornet (2025-auj., Collab. scient. cat. Chercheur qualifié) [site web]
- Dr. Edi Sudianto (2024-auj.)
Doctorants
- Louise Hambücken (2024-auj., avec Dr. Luc Cornet)
- Leandro Smacchia (2023-auj., avec Prof. Patrick Flammang et Dr. Jérôme Delroisse, UMONS)
- Benoît Durieu (2017-auj., avec Dr. Annick Wilmotte)
- Loïc Meunier (2015-auj., avec Prof. Philippe Jacques)
- Mick Van Vlierberghe (2015-auj., Assistant)
Mémorants
- Mathieu Bruyneel (avec Dr. Arnaud Vanden Broeck)
- Luca Galet (avec Prof. Nicolas Magain)
- Bernard Georges (avec Dr. Christophe Lambert, GSK)
Autres membres
- Rosa Gago (Lab Manager)
- Marie Harmel (Bioinformaticienne)
- Jerry Tshimanga Mutayi (Stagiaire en bioinformatique, HEH)
Collaborateurs scientifiques
- Dr. Henner Brinkmann
- Dr. Louis Collet
- Prof. Vincent Demoulin
- Dr. Marie Leleu
- Dr. Raphaël Léonard
- Dr. Valérian Lupo
POUR EN SAVOIR PLUS (EN ANGLAIS)
