Physiologie et génétique bactériennes
Annick Wilmotte
Description des activités
Phylogénie, taxonomie et diversité génomique des cyanobactéries
Nos thèmes de recherche concernent la diversité et l’évolution des cyanobactéries, sur base de l’étude de marqueurs moléculaires taxonomiques comme le gène codant pour l’ARNr 16S et l’ITS (Internal Transcribed Spacer). Nous utilisons des approches basées sur l’isolement de souches et sur les séquençages d’amplicons à haut débit (type Illumina). Les microorganismes étudiés proviennent d’environnements variés, tels que les régions (sub)polaires (Antarctique, Arctique, Sibérie, montagnes), les travertins de la rivière Hoyoux, ou les proliférations de cyanobactéries planctoniques formant des blooms toxiques dans les lacs. La diversité du genre Arthrospira (connues sous le nom commercial de ‘spirulines’) a fait l’objet de caractérisations moléculaires et reste un sujet d’intérêt. Ces données de biodiversité sont utilisées notamment pour étudier la biogéographie des cyanobactéries et l’influence des facteurs environnementaux sur leur distribution spatiale et améliorer la taxonomie. Des projets de recherche cherchent aussi à élucider les adaptations génomiques de souches polaires aux conditions hostiles de l’Antarctique, comme la dessication et les basses températures.
Le projet BRAIN-BE MICROBIAN (https://microbianantarctica.blogspot.com/) vise aussi à mieux comprendre les impacts des changements globaux sur les cyanobactéries qui constituent les ‘Biological Soil Crusts’ dans la région continentale des montagnes Sør Rondane en Antarctique. Nous avons aussi comme mission d’assurer la maintenance et l’enrichissement de la collection publique de souches de cyanobactéries qui fait partie du Belgian Coordinated Collections of Microorganisms (bccm.belspo.be/about/ulc.php). De plus, nous offrons des services liés à la collection comme l’identification moléculaire et des trainings pour apprendre la mise en culture, la purification et la préservation de souches de cyanobactéries. Pour valoriser cette collection, nous avons noué des collaborations (Prof. Denis Baurain, Prof. P. Jacques, Prof. E. Javaux…) pour l’analyse des séquences de génomes, l’exploration du potentiel de production de composés bioactifs de ces souches, et de leurs pigments comme ‘signature de vie’ fossile ou extraplanétaire. Nous sommes aussi impliqués dans les activités du Comité pour la Protection Environnementale du Traité sur l’Antarctique et participent aux réflexions sur la protection de la biodiversité microbienne et la traduction des résultats de recherche scientifique en décisions de gestion et ‘policy’.
Liste des membres
Benoit Durieu
Valentina Savaglia
Kim Beets
Wannes Van Hassel
Liste des 5 publications les plus représentatives
1) Pessi, I. S., Lara, Y., Durieu, B., Maalouf, P., Verleyen, E., & Wilmotte, A. (2018). Community structure and distribution of benthic cyanobacteria in Antarctic lacustrine microbial mats. FEMS Microbiology Ecology, 94(5), 042.
http://hdl.handle.net/2268/221234
2) Cornet, L., Bertrand, A., Hanikenne, M., Javaux, E., Wilmotte, A., & Baurain, D. (2018). Metagenomic assembly of new (sub)polar Cyanobacteria and their associated microbiome from non-axenic cultures. Microbial Genomics.
http://hdl.handle.net/2268/227528
3) Pessi, I. S., Puschkareva, E., Lara, Y., Borderie, F., Wilmotte, A., & Elster, J. (2019). Marked Succession of Cyanobacterial Communities Following Glacier Retreat in the High Arctic. Microbial Ecology, 77, 136-147.
http://hdl.handle.net/2268/231372
4) Kurmayer, R., Sivonen, K., Wilmotte, A., & Salmaso, N. (Eds.). (2017). Molecular Tools for the Detection and Quantification of Toxigenic Cyanobacteria (This edition first published 2017). Hoboken, NJ: John Wiley and sons LTD.
http://hdl.handle.net/2268/206143
5) Hughes, K., Cowan, D., & Wilmotte, A. (2015). Protection of Antarctic microbial communities–‘out of sight, out of mind’. Frontiers in Microbiology, 6(151), 1-6.
http://hdl.handle.net/2268/178845
